在制药企业中，废水是相对比较难以处理的。在所有的制药废水中，化学制药废水尤为特殊。主要有以下特点：浓度高，废水中残余的反应物，生成物，溶剂，催化剂等含量高，COD浓度高。其次，化学合成反应的副产物多，无机盐含量高。pH值变化大，如果采用中和反应的话，消耗酸碱量大，成本高；如果采用萃取或提炼的方法，工艺流程复杂。废水成分复杂，具有生物毒性，难降解等。

制药工业废水处理常用的方法有物理法，化学法，物化法，生化法，以及相互组合的方法。其中，物化法主要有混凝沉淀，气浮，吸附，电解，膜分离等。化学法主要有电解，中和，氧化还原等。生化法主要有活性污泥法，生物滤池，生物转盘，上流式厌氧污泥床反应器（USAB）、厌氧接触等。而其他相互组合的工艺也有很多，比如，电解+酸化+微电解+厌氧+活性污泥，或UASB+兼氧+接触氧化+气浮等。

化学制药废水的主要工艺流程，是根据每个制药企业的水质特点进行确定。比如，从浓水池进入水解池，然后在调节池改变废水pH值，使得废水适合化学或生化反应。然后进入缺氧池+好氧池，到二沉池之后，部分的生物活性污泥回流，剩余的污泥进行浓缩，压滤之后外送。经过二沉池的废水，进入清水池处理达标后，才能进入后续排放或处理。

水解酸化池工艺主要是用来调节难以降解的有毒有害污染物，或将大分子的有机物，转变为容易生物降解的小分子物质，对改善废水的可生化性，有利于后续好氧生物降解，具有非常重要的作用。生物反应器的功能，主要是将废水中的有机物和活性污泥混合在一起，进行有效降解。好氧生物处理方法主要用于大多数高浓度的有机废水，在进行好氧反应的时候，需要先对原始废液进行稀释。

因为大多数废液浓度高，直接就把好氧生物给杀死了。稀释浓度，调节pH值。这个工程量相对比较大，要消耗大量的水来稀释，而且使得废水越来越多，在生化反应的时候未必能够做到彻底净化。所以单独使用好氧处理的很少，一般需要预处理，比如活性污泥法，生物吸附降解，接触氧化，循环活性污泥氧化等。生物接触氧化法，是集中了活性污泥和生物膜两种方法的优点，具有容积负荷高，污泥量少，抗冲击能力强，工艺稳定，管理简单，使用方便等特点。